La estructura de la Fundació está basada en Programas, cada uno en su ámbito, mediante los que se desarrollan los diferentes proyectos; y cuenta con los siguientes órganos para su dirección y gobierno:

· El Patronato: Órgano supremo de gobierno, administración y representación. Sus funciones fundamentales son el establecimiento de las líneas generales de actuación y la aprobación de los planes, los programas, los presupuestos y las cuentas de la FGUV.

· El Consejo Ejecutivo: Órgano colegiado que ejerce por delegación del Patronato las facultades de gestión ordinaria, a excepción de las indelegables legalmente.